La pagode de Tran Quoc a été construite au VIè siècle sous le règne de Ly Nam De, sur un îlot au bord du lac de l’Ouest. C’est la plus ancienne pagode de la capitale de Hanoi. Elle est considérée comme le centre du bouddhisme sous la dynastie Ly et Tran.
À son origine, la pagode a été construite sur les rives du Fleuve Rouge sous le règne de l'empereur Ly Nam De (544-548). La pagode nommée successivement Khai Quoc (Fondation du pays). Sous le règne du roi Le Thai Tong (1434-1442), la pagode renomméé la pagode An Quoc(Paix de la Nation). En 1615, sous le règne de Le Kinh Tong, la pagode est déplacé tout entier sur l’île Kim Ngu à cause des risques d'érosion. Sous le règne du roi Le Hy Tong (1681-1705), la pagode a été rebaptisée Tran Quoc(Défense de la Nation). En 1821, le roi Minh Mang a visité la pagode et donné l’argent pour la renover. EN 1842, le roi Thieu Tri a donné une grande pièce d'or et 200 pièces d'argent et renommée la pagode de Tran Bac. Mais le nom de Tran Quoc sous le règne de Le Hy Tong est le plus populaire jusqu’ à maintenant.
La pagode a été renovée et restaurée plusieurs fois en 1624, 1628 et 1639 sous le règne du seigneur Trinh. La plus grande restauration a eu lieu sous le règne du roi de Gia Long. En 2010, elle a été rénovée pour célébrer les 1000 ans de Thang Long-Hanoi et pour le 6ème Sommet mondial du bouddhisme tenu au Vietnam en novembre 2010.
La pagode comporte une grande tour de 15 m de haut, composée de 11 étages construite en 1998. Cette tour est sensée représentée les étapes de la vie de Bouddha. Chaque étage est en forme d'hexagone et un bouddha en pierre s'y trouve sur chacun d'entre eux. Au sommet de la tour, il y a une grande fleur de lotus faite de pierre précieuse. Dans les jardins, se trouve un figuier sacré offert par le président indien lors de sa visite à Hanoï en 1959.
La pagode a été reconnue en 1989 monument historique de la culture nationale vietnamienne.